home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00035 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.9 KB  |  67 lines
  1. ***************************
  2. * 'POU' domain signatures *
  3. ***************************
  4.  
  5. The 'POU' (pronounced 'pow') domain [1 to 6] is a  70 to 75  amino-acid region
  6. found upstream  of a homeobox domain in some eukaryotic transcription factors.
  7. It is thought to confer high-affinity site-specific DNA-binding and to mediate
  8. cooperative protein-protein  interaction  on  DNA. Proteins currently known to
  9. contain a POU domain are listed below.
  10.  
  11.  - Pit-1 (or GHF-1), a transcription factor that  activates growth hormone and
  12.    prolactin genes.
  13.  - Oct-1 (or OTF-1, NF-A1), a transcription  factor  for small nuclear RNA and
  14.    histone H2B genes.
  15.  - Oct-2 (or OTF-2, NF-A2), a transcription factor that specifically binds  to
  16.    the immunoglobulin  promoters  octamer motif (5'-ATTTGCAT-3') and activates
  17.    these genes.
  18.  - Oct-3 (or Oct-4, NF-A3), a  transcription  factor  that  also  binds to the
  19.    octamer motif.
  20.  - Oct-6  (or  SCIP),  an  octamer-binding  transcription factor thought to be
  21.    involved in early embryogenesis and neurogenesis.
  22.  - Oct-11, an octamer-binding transcription factor.
  23.  - N-Oct 3 (or Brn-2), a nervous-system specific octamer-binding transcription
  24.    factor.
  25.  - RDC-1, a probable transcription factor  that  may  play  a role in neuronal
  26.    tissue differentiation.
  27.  - Unc-86,  a  Caenorhabditis  elegans  transcription  factor involved in cell
  28.    lineage and differentiation.
  29.  - Cf1-a, a Drosophila neuron-specific  transcription factor necessary for the
  30.    expression of the dopa decarboxylase gene (dcc).
  31.  - I-POU, a Drosophila protein that forms a stable heterodimeric  complex with
  32.    Cf1-a and inhibits its action.
  33.  
  34.  - Mammalian proteins Brain-1 (Brn-1), Brain-3 (Brn-3), and Brain-4 (Brn-4).
  35.  - Xenopus proteins XlPou1, XlPou2, and XlPou3.
  36.  - Zebrafish proteins ZfPou and Pou[C].
  37.  - Caenorhabditis elegans protein ceh-6.
  38.  - Drosophila  proteins  twain  (PDM-1  or  DPou-19)  and  didymous  (PDM-2 or
  39.    DPou-28).
  40.  
  41. We  have derived  two  signature patterns for the 'POU' domain.  The first one
  42. spans positions 15 to 27 of the domain, the second positions 42 to 55.
  43.  
  44. -Consensus pattern: [RK]-R-[LIM]-x-L-G-[LIVMFY]-x-Q-x-[DNQ]-V-G
  45. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  46. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  47.  
  48. -Consensus pattern: S-Q-[ST]-[TA]-I-[SC]-R-F-E-x-L-x-[LI]-[ST]
  49. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  50. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  51.  
  52. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  53.  
  54. [ 1] Robertson M.
  55.      Nature 336:522-524(1988).
  56. [ 2] Herr W., Sturm R.A., Clerc R.G., Corcoran L.M., Baltimore D., Sharp P.A.,
  57.      Ingraham H.A., Rosenfeld M.G., Finney M., Ruvkun G., Horvitz H.R.
  58.      Genes Dev. 2:1513-1516(1988).
  59. [ 3] Levine M., Hoey T.
  60.      Cell 55:537-540(1988).
  61. [ 4] Rosenfeld M.G.
  62.      Genes Dev. 5:897-907(1991).
  63. [ 5] Schoeler H.R.
  64.      Trends Genet. 7:323-329(1991).
  65. [ 6] Verrijzer C.P., van der Vliet P.C.
  66.      Biochim. Biophys. Acta 1173:1-21(1993).
  67.